합병에 따라 분여된 이익의 계산과 관련하여 법인세 및 증여세 부과처분의 취소를 구하는 사건[대법원 2021. 9. 30. 선고 중요판결]

2017두66244 법인세등부과처분취소 (다) 상고기각
 
[합병에 따라 분여된 이익의 계산과 관련하여 법인세 및 증여세 부과처분의 취소를 구하는 사건]
 
◇합병법인의 포합주식과 피합병법인의 자기주식에 대하여 합병신주가 과소배정된 경우, 피합병법인의 주주들이 합병법인 주주들에게 분여한 이익의 산정방법◇
 
1. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항은 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제8호 (가)목은 ‘특수관계자인 법인 간에 불공정한 비율로 합병하여 주주인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우’를 구 법인세법 제52조 제1항에서 정한 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’의 하나로 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제89조는 제5항에서 ‘제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 해당 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산한다’고 규정하고, 제6항에서 ‘제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 ｢상속세 및 증여세법｣(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라고 한다) 제38조, 구 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라고 한다) 제28조 제3항 내지 제6항 등을 준용한다’고 규정하고 있다.
 
2. 한편 구 상증세법 제38조는 제1항에서 특수관계에 있는 법인의 합병으로 인하여 합병당사법인의 대주주가 일정한 이익을 받은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 하도록 규정하고, 제2항에서 위 이익에 상당하는 금액은 합병당사법인의 주주가 소유하는 주식에 대하여 합병 직후와 합병 직전을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액의 차액으로 하도록 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 상증세법 시행령 제28조는 구 상증세법 제38조 제2항의 규정에 의한 평가가액의 차액은 다음의 산식, 즉 ‘합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액 – {주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액 × (주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 전 주식 수 ÷ 주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 후 주식 수)} × 주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주의 합병 후 주식 수’에 따라 계산하되(제3항, 제4항), 여기서 ‘합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액’은 그 법인이 비상장법인인 경우에는 ‘주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 직전 주식가액과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 합병 직전 주식가액을 합한 가액을 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 주식 수로 나눈 가액’으로 하도록 규정하고 있다(제5항 제2호).
 
☞ 피고들은 이 사건 합병 과정에서 합병법인의 주식은 시가보다 높게, 피합병법인의 주식은 시가보다 낮게 평가되어 피합병법인의 주주들에게 합병신주가 적게 배정됨으로써, 피합병법인의 주주들이 특수관계에 있는 합병법인의 주주들에게 이익을 분여하였다고 보아 법인세와 증여세를 각각 부과하였음
 
☞ 원고들은 합병법인인 원고가 이 사건 합병 당시 피합병법인의 주식(포합주식)을 보유하고 있었고, 피합병법인 역시 자기주식을 보유하고 있었으므로, 이들 주식에 대하여 과소배정된 합병신주와 관련하여는 구 법인세법 제52조 및 구 상증세법 제38조에 따라 합병에 따른 증여이익을 계산하여 법인세와 증여세를 부과할 수 없다고 주장하였으나, 대법원은 합병법인이 합병신주를 배정받아 이를 자기주식으로 상당한 기간 보유한 이상, 합병신주를 배정받지 않거나 합병신주를 배정받아 합병과 동시에 이를 소각한 경우와 동일하게 취급할 수 없고, 그러한 자기주식에도 양도성과 자산성이 있어 이를 다른 주주들이 소유한 주식과 달리 취급할 이유가 없다는 등의 이유로, 이와 결론이 같은 원심판결에 대한 상고를 기각하였음