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협의의 자기주식 양도차익이 합병차익 등 자본의 증감과 관련된 거래에서 발생한 손익에 해당한다는 이유로 법인세 경정을 구하는 사건[대법원 2022. 6. 30. 선고 중요판결]

2018두54323   법인세경정청구거부처분취소   (카)   상고기각

[협의의 자기주식 양도차익이 합병차익 등 자본의 증감과 관련된 거래에서 발생한 손익에 해당한다는 이유로 법인세 경정을 구하는 사건]

◇합병법인이 피합병법인이 보유하던 합병법인 발행 주식을 승계하여 양도할 때, 양도차익의 법인세 과세대상 여부 및 그 산정방법◇

  1. 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제15조는 제1항에서 “익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.”라고 규정하고, 제3항에서 “제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제11조 제2호의2(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)는 법인세법 제15조 제1항의 규정에 따른 수익의 하나로 ‘자기주식의 양도금액’을 정하면서 자기주식에는 ‘합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우(이른바 협의의 자기주식)’가 포함되는 것으로 규정하고 있다.

  한편 법인세법 제17조 제1항 제5호는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 ‘자본거래로 인한 수익’의 하나로 합병차익을 들면서 이를 ‘상법 제174조에 따른 합병의 경우로서 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본금증가액 또는 합병에 따라 설립된 회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과금액‘이라고 정하고 있다.

  협의의 자기주식은 피합병법인의 자산으로서 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만 합병 이후 합병법인이 이를 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속거래로서 순수한 자본거래에 해당한다고 보기 어렵다. 또한 협의의 자기주식 역시 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라 합병에 따라 자기주식을 자산으로 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 아니하다. 이러한 사정 등에 비추어 보면, 협의의 자기주식 처분이익은 법인세법 제15조 제1항이 익금에서 제외되는 것으로 정한 대상이나 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다.
  2. 법인세법 제44조는 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 그 양도에 따라 발생하는 양도손익을 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하되(제1항), 일정한 요건을 갖춘 합병(이른바 적격합병)의 경우 자산의 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있도록 규정하고 있다(제2항). 한편 법인세법 제44조의3 제1항은 적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하도록 규정하고, 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 (가)목은 합병법인이 적격합병에 따라 취득한 자산의 취득가액을 제80조의4 제1항에 따른 장부가액으로 하도록 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제80조의4 제1항 제2호는 적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인으로부터 양수한 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하며, 이렇게 계상된 자산조정계정 중 감가상각자산 외의 자산에 설정된 것은 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입하도록 규정하고 있다.

  위 각 규정의 내용을 종합하면, 합병법인이 적격합병으로 취득한 협의의 자기주식을 양도한 경우 그 양도차익은 양도금액에서 해당 주식의 합병등기일 당시의 시가를 차감한 가액에 합병 당시 자산조정계정으로 계상되었던 금액을 가감하는 방식으로 계산된다.
☞  원고는 합병으로 피합병법인이 보유하던 원고 발행 주식을 자기주식(협의의 자기주식)으로 취득하여 그 중 일부를 양도한 후 양도차익을 익금에 가산하여 법인세를 신고하였다가, 피고에게 해당 주식의 양도차익은 합병차익 등 자본의 증감과 관련된 거래에서 발생한 손익이어서 익금불산입 대상이라고 주장하면서 경정청구를 하였음

☞  대법원은 협의의 자기주식은 피합병법인의 자산으로서 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만, 합병 이후 합병법인이 협의의 자기주식을 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속거래로서 순수한 자본거래에 해당한다고 보기 어려우며, 협의의 자기주식 역시 양도성과 자산성을 가지므로 이를 합병으로 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 아니한 사정 등에 비추어 볼 때, 협의의 자기주식 처분이익은 법인세법 제15조 제1항이 익금에서 제외되는 것으로 정한 대상이나 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다는 이유로, 이와 결론이 같은 원심판결에 대한 상고를 기각하였음

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